“P ato” Aguilera è un attaccante rapido e di fantasia, abile anche nei calci piazzati. È un brevilineo Carlos e questa caratteristica lo rende il partner ideale di compagni come Tomáš Skuhravý al Genoa e Walter Casagrande al Torino.
L’anatroccolo arriva al Genoa nel 1989 dal Peñarol insieme ai due connazionali José Perdomo e Rubén Paz. Prima di indossare la casacca degli aurinegros ha militato con i darseneros del River Plate di Montevideo e con i Tricolores del Nacional, sempre di Montevideo.
A Genova il Pato diventa l’idolo della Gradinata Nord.
Con il Genoa gioca tre stagioni, dal 1989 al 1992 diventando uno dei bomber con media gol più alta del Grifone insieme a Diego Milito, Tomáš Skuhravý e Roberto Pruzzo.
Ma è durante la Coppa UEFA 1991/92 che diventa leggenda: Carlos segna ben 8 gol in 9 partite, risultando uno dei migliori marcatori della competizione. Fra queste però resterà per sempre nella storia del Grifone la doppietta segnata ad Anfield con la quale il Genoa sconfisse per 2-1 il Liverpool divenendo così la prima squadra italiana a battere i Reds sul loro terreno in una competizione ufficiale.
Alla fine della stagione 1992 Carlos viene ceduto al Torino dove gioca 54 partite, segnando 17 gol e conquistando la Coppa Italia. Nel luglio del 1994 torna in Uruguay a giocare per il Peñarol, dove chiude la carriera.
Con la Celeste esordisce nel 1982 in occasione della sfida pareggiata 0-0 contro la Cina, gara valevole per la prima edizione della Nehru Cup organizzata dalla Federazione calcistica dell’India. Prende poi parte alla vittoriosa edizione della Coppa America 1983: proprio durante questa manifestazione segna il suo primo gol in nazionale contro il Venezuela.
Nel 1986 è fra i convocati per i Mondiali in Messico, ma non viene mai schierato in campo. Gioca invece i Mondiali del 1990 fermandosi agli ottavi di finale contro l’Italia padrona di casa.
Colleziona 65 presenze con la nazionale e i 23 gol messi a segno fanno di Carlos l’ottavo marcatore nella classifica dei marcatori di tutti i tempi della nazionale Uruguaiana.
